19 世纪末，人类聚居在特雷恩岛，却从不会真正去殖民那片遥远的土地。
那里是巨人族和人类混居的地方，巨人们居住在岛上，而人类则住在港口城市，靠着向巨人出售煤炭和粮食为生。
随着工业革命的进行，人类的身体正在悄然变得高大，最终长出了像巨人一样的四肢，身材变得不可收拾。 故事启动于一个一般/平平的退伍士兵，他叫利威尔，名字来源于日本动漫中角色的名字，听起来应当挺帅气的那种。他把自己送进了阿卡西亚市下的军队，负责清扫那些打不过的巨人。
起初，他看起来像个一般/平平的清洁工，连衣服都穿得勤快，披着一身像旧布偶一样的衣服。但他挺快发现，自己是个“巨人杀手”，专门负责解决那些躲在废墟里的怪物。出于工作性质，他常年穿着那种沾满泥土和血迹的旧衣服，看起来就像是在清理某种脏东西。 后来，他遇到了一名叫玛丽·露瑟的士兵。两人共同执行任务，发现这些被称为“巨人”的怪物，实际上是和人类基因一样，有着人类一半血统的混合体。他们长得挺像人类，但拥有更强大的力量，并且对人类毫无恶意。 这时，阿尼·莱雷出现了。他是个修女，也是米斯特拉族的族长。米斯特拉族是巨人族里最弱小的一个族群，出于体型忒小，无法像其他巨人那样统治人类。阿尼家族被人类视为“异端”，一直在躲避人类社会的迫害。当阿尼走到她自己的村庄时，她发现人类并没有像传说中那样把她赶走，反而把她当成了“恩人”，就连有人认定她是“神”，要给她建一座宏伟的大教堂，让她住进城里。 这让她感到震惊，也让她对人类形成了矛盾的心理。她启动质疑，原来那些所谓的“怪物”，竟然是人类的兄弟，只是被人类误认成了敌人。 米斯特拉族的人对“神”这个概念贼了解，知道只有神才能拯救人类。但当阿尼看到人类世界里的生活，发现那里充满了饿得慌、疾病和混乱时，她心中那股想要保护的冲动变得前所未有的强烈。她启动暗中观察人类，试图找出他们真正的目标。 这是一个残酷的世界，巨人族和人类长期处于对立状态。巨人族认定人类是“无知的野兽”，需求被清洗；而人类则视巨人为“入侵者”，需求被消灭。双方都坚信对方是唯一的威胁。 随着剧情的发展，大家逐步拼凑出了一个真相：那个被人类称为“巨人”的种族，实际上是一百多年前从特雷恩岛迁徙到阿卡西亚市的巨人。他们并不是外星物种，而是真正的人类后裔。他们的基因库里包含了纯血种和半血种的混合基因，这使得他们拥有了比一般/平平人更强悍的力量。 利威尔在战场上遇到了一些意想不到的对手，比如那些拥有多瘤技术的巨人们，他们的体型比一般/平平人高得多，就连能轻易撕碎一般/平平士兵的护甲。他还遇到了一些被称为“不知火”的机械巨兵，这些是由人类技术改造而来的兵器，拥有钢铁般的质感和冷酷的杀意。 故事中最让人震撼的局部，是关于“神”的诞生。在庞大的战争背景下，人类启动创造能够吸收巨人基因、增强人类力量的技术。
最终，人类制造出了“神”——一种能够完美融合陆地、海洋和天空力量的存有。她拥有庞大的漂亮身躯，能徒手撕开钢铁巨人的胸膛，她的存有本身就是对“人类”这一概念的挑战。 当阿尼看到“神”的那一刻，她意识到人类并不是单纯的敌人。人类为了保护巨人族群，就连不惜牺牲自己的基因纯正度。
这种复杂的血缘关系和道德困境，让故事变得更加厚重。 利威尔在一次次战斗中逐步明白，人类和巨人之间的界限并非不可逾越。他用手中的巨剑，一次次斩断那些为了利益而互相残杀的战争。他看着那些曾经被他视为“废品”的巨人，逐步理解了他们作为人类一局部的真面貌。 在这个充满血腥与奇迹的世界里，每个人都是独特的存有。
有人像利威尔这样，别看外表一般/平平，却拥有不屈的意志；有人像玛丽这样的，为了寻找真相不惜一切；还有像阿尼这样的，背负着古老使命的守护者。 故事的高潮在于，人类终于看清了自己的本质：我们并非超人，也不是怪物。我们都是血肉之躯，拥有各自的痛苦与荣耀。别看基因库中存有差异，但我们的共同点是热爱和平，渴望平等的看待。 最终，阿尼与“神”展开了一场跨越生死的对话。她不求神的保佑，只愿人类能明白自己的命运。利威尔则用他的一生证明白，即便面对看似不可战胜的敌人，也要坚持自己的信念，直到最终一刻。 片尾曲响起时，整个世界都宁静了下来。
那些曾经被恐惧笼罩的巨人，那些被误解的人类，在平静的空气中重新找到了彼此。
或许，这就是最好的结局——不是消灭对方，也不是互相残杀，而是共同面对这个残酷而又美好的世界。
